Vào đầu thế kỷ 16, nhiều chính thể bản địa khác nhau tranh giành vùng đất hiện là Guatemala.[13] Những vương quốc phải kể đến ở đây đó là Kʼicheʼ, Kaqchikel, Tzʼutujil, Chajoma,[14] Mam, Poqomam và Pipil.[15] Tất cả các sắc tộc này đều thuộc nhóm dân tộc Maya ngoại trừ người Pipil, thuộc nhóm dân tộc Nahua nói thứ tiếng thuộc cùng ngữ hệ với người Aztec; họ thành lập một số thành bang nhỏ dọc đồng bằng ven biển Thái Bình Dương miền nam Guatemala và El Salvador.[16] Người Pipil đóng đô tại Itzcuintepec.[17] Người Xinca cũng là một dân tộc khác không thuộc nhóm Maya chiếm cứ vùng ven biển phía đông nam Thái Bình Dương.[18] Người Maya chưa bao giờ thống nhất được về mặt lãnh thổ. Khi người Tây Ban Nha đến đây, nền văn minh Maya đã hàng nghìn năm tuổi.[19]

Trước thềm cuộc chinh phục, một số vương quốc Maya hùng mạnh chi phối vùng cao nguyên Guatemala.[20] Trong những thế kỷ trước sự xuất hiện của người Tây Ban Nha, người Kʼicheʼ đã tạo dựng được một đế chế nhỏ, bao gồm phần lớn vùng phía tây Cao nguyên Guatemala và đồng bằng ven biển Thái Bình Dương lân cận. Tuy nhiên, vào cuối thế kỷ 15, người Kaqchikel nổi dậy chống lại các đồng minh Kʼicheʼ cũ và lập một vương quốc riêng phía đông nam, lấy Iximche làm thủ đô. Vương quốc Kaqchikel đang trong quá trình tiêu diệt vương quốc Kʼicheʼ khi người Tây Ban Nha tới đây.[21] Các dân tộc cao nguyên khác bao gồm người Tzʼutujil cát cứ vùng Hồ Atitlan, người Mam trú ngụ ở phía tây cao nguyên và người Poqomam định cư ở phía đông cao nguyên.[15]

Vương quốc Itza là chính thể hùng mạnh nhất vùng trũng Petén phía bắc Guatemala,[22] thủ đô của họ là thành Nojpetén nằm trên một hòn đảo giữa Hồ Petén Itzá.[nb 1] Kình địch chính của họ là vương quốc Kowoj. Người Kowoj định cư về phía đông của Itza, xung quanh các hồ như: Hồ Salpetén, Hồ Macanché, Hồ Yaxhá và Hồ Sacnab.[23] Còn nhiều nhóm bản địa khác vùng này, nhưng ta có ít thông tin về phạm vi lãnh thổ và cấu trúc chính trị của họ; số đó bao gồm người Chinamita, người Kejache, người Icaiche, người Lakandon Chʼol, người Mopan, người Manche Chʼol và người Yalain.[24] Người Kejache chiếm đóng khu vực phía bắc của hồ trên tuyến đường đến Campeche, còn người Mopan và Chinamita cát cứ phía đông nam Petén.[25] Lãnh thổ Manche nằm về phía tây nam của Mopan.[26] Lãnh thổ Yalain nằm ngay phần phía đông của Hồ Petén Itzá.[27]